Гаплангырский государственный заповедник расположен на юго-восточных окраинах Устюрта, в зоне контакта Заузбойского складчатого района с Заунгузскими Каракумами и занимает большую часть плато Капланкыр. Благодаря разнообразию типов первобытных и антропогенных ландшафтов заповедник является эталоном природы Северного Туркменистана. Территория заповедника расположена в Северо-Западной части Туркменистана, на землях Болдумсазского и Губадагского этрапов (районов) Дашогузского велаята (области). На севере заповедник граничит с Республикой Узбекистан, западная и юго-западная границы проходят по административной границе Дашогузского и Балканского велаятов страны. В ботанико-географическом отношении охраняемая территория находится на стыке северных и южных пустынь. Здесь обитают 26 видов зверей, 147 видов птиц, произрастает 918 видов высших растений. Охраняются редкие животные: джейран, устюртский горный баран, медоед и др.; из высших растений - солянка хивинская, тюльпан туркменский, качим Антонины, песчаная акация Карелина и др., всего 55 эндемичных видов. В заповеднике также охраняются мигрирующие сюда в зимний период огромные популяции сайгаков из Каракалпакии.